第一代车型取得开门红之后，2002年第二代CR-V正式推出。新车继续坚持城市SUV路线，基于第七代思域打造，同时对平台进行了有针对性的优化改进。车型尺寸方面，第二代CR-V轴距没有变化，依旧为2620mm，长宽高分别为4535x1785x1680mm，相比第一代有所提升。

第二代CR-V在外观造型上基本延续了第一代车型的设计，但是在细节处理上更加偏向城市化。中网加入镀铬装饰，全新设计的前大灯也更显时尚。内饰也经过全新设计，尽管新车轴距没有提升，但在内部空间经过全面优化，整体利用率提升，让乘坐空间更大了。

动力方面，第二代CR-V也迎来了全面革新，共推出三款不同动力车型。其中新增加代号为K24A1的2.4L汽油发动机，配备i-VTEC可变气门正时技术，最大功率160Ps，峰值扭矩220N·m。此外还推出2.2L涡轮增压柴油车型，而老款的2.0L发动机也得到保留。变速箱方面，5速自动变速箱取代了之前的4速自动变速箱。除了适时四驱版本之外，第二代CR-V还推出了两驱版车型，进一步丰富消费者选择。悬挂结构也有所改变，第二代CR-V的前悬挂由双叉臂悬挂改为了麦弗逊悬挂。

在2005年，第二代CR-V改款车型正式推出。新车对于前格栅、前后灯组、轮毂等外观细节做出改变，同时还配备了电子油门。第二代CR-V也曾进口引入过，不过我们最熟悉的还是后期东风本田带来的国产版本。

2004年中旬，东风本田CR-V正式上市，先期上市的国产版本只有2.0L一款车型，而随后推出的第二代CR-V改款车型增加了2.4L车型，并且全部为四驱版本，当时2.0L AT版的厂商指导价为22.78万元。第二代CR-V在销量上全面超越上一代车型，从2002到2003年，第二代CR-V连续两年获得了年度最佳SUV称号。第二代CR-V已经在全球超过160个国家和地区销售，到2005年CR-V全球销量已超过200万台。而随后国产的东风本田CR-V在国内也取得了不错的成绩，国产车型总销量超过6万台，成为合资SUV的先行者。

2006年10月，本田推出了第三代CR-V。相比之前的老款车型，这一次更新迭代非常彻底，可以看作是CR-V车系的重要转折。尽管初代CR-V就定位于城市SUV，但从车身结构以及造型方面，它都流露出一丝传统越野车的味道。但第三代CR-V变得更加“城市化”，甚至成为当时同级标杆。

造型方面，第三代CR-V一改前两代相对方正的造型，整体线条变得更加饱满圆润，即便用今天的眼光来看依旧很时尚。在车身尺寸上，第三代CR-V的轴距依然为2620mm，长宽高分别为4518×1820×1704mm。后挂式备胎被移到了底盘，同时尾门开启方式也变为上掀式。

动力方面，第三代车型在全球市场依旧推出2.0L、2.4L和2.2T柴油三种排量。其中新款2.0L汽油发动机配备SOHC i-VTEC科技，最大功率150Ps，最大扭矩190N·m。2.4L发动机经过重新调校，最大功率增加了10Ps，达到170Ps，最大扭矩为220N·m。变速箱方面，第三代CR-V推出了全新的6挡手动变速箱，老款车型所搭载的5挡自动变速箱继续使用。悬挂结构依然采用前麦弗逊/后双叉臂组合。2010年，第三代CR-V迎来了中期改款，同样是在原有基础上针对外观细节、配置等方面进行升级。

在国内，CR-V树立起紧凑级SUV市场标杆形象也正是从第三代车型开始。国产第三代CR-V在2007年正式上市，售价21.78-25.28万元。一经上市CR-V就引起了国内市场的强烈反响，在当时想原价提车几乎是不可能的，强制店内装饰、现金加价都属于“正常现象”，不仅如此还需要等待。不过这些并没有阻止消费者对于CR-V的热情，从2007年到2011年，CR-V连续5年蝉联了中国SUV市场的销量冠军，截止至2011年年底，CR-V在中国的销量已经接近60万台。