全新S级轿车标配了多区智能空调恒温控制系统，它的新型空调控制单元采用了大量气流调节概念，这种概念的自动工作原理可以满足车内每位驾乘者的舒适要求。这种新型系统可使驾驶员和副驾驶乘客均能分别自主调节空间温度，同时，新系统还提供“Focus(聚焦)”、“Medium(中等)”和“Diffuse(分散)”三种已设定好的自动模式。

　　全新S级轿车在全球率先配备“香氛喷雾发生器”，它是车内空气调节组件的一部分。“主动”意味着该空气调节系统可以手动调节开启或关闭，同时香氛浓度也可以人工调节。香氛喷雾发生器可按照个人需求调节汽车内部的气味。它不会永久改变车内的气味，并且香料分子也不会沉积在织物表面或乘坐者的衣物上。

　　此外，全新S级轿车改进了车内空气调节组件的增强型空气滤清器，无论是通过空调控制系统从外部进入车内的空气，还是通过空气反复循环模式而一直保持在车内的空气，过滤效果都得到了改进。改进后的过滤系统比以往更加高效，并能降低特定气体的排放峰值，同时把其浓度降至感知阈值以下。另一个组成是负离子发生器，空调控制单元送来的空气经由离子化装置输送至车内。在组合工作模式中，这可使特定病毒、细菌和孢子失去活性（即具有清洁效果），同时，通过提升负氧离子的浓度可使空气变得清新（即具有调节环境放松心情的效果）。